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  本学府では、基層構造・比較基層文明・地域資料情報の三講座に所属する考古学・自然人類学専攻の教員が相互に連携しながら、考古学・人類学の研究教育をおこなっている。
基層構造講座は田中良之教授、中橋孝博教授、岩永省三教授、溝口孝司准教授、佐藤廉也准教授の五名で構成される。田中教授は主として縄文土器や他の文化要素を用いた社会動態の研究、及び人骨を用いた原始古代の親族構造・儀礼の研究、中橋教授は日本人起源論をはじめとする形質人類学的研究、岩永教授は弥生時代から古代の社会変動論、溝口准教授は弥生社会論及び理論考古学、佐藤准教授は文化地理学及び生態人類学を専門とする。
比較基層文明講座は、宮本一夫教授と辻田淳一郎准教授から成る。宮本教授は中国における新石器時代から国家段階にわたる社会・文化研究を、辻田准教授は古墳時代の考古学的研究を専門とする。
地域資料情報講座の小池裕子教授は、安定同位体分析や、脂質分析、DNA 解析などの分析諸法を駆使した先史生態学的研究を専門とする。
従来の研究区分と対比するならば、日本考古学は基層構造講座、東アジア考古学は比較基層文明講座、人類学は基層構造講座と地域資料情報講座の各教員によって、それぞれカバーされることとなる。しかし、学際大学院の特質を生かして、これらの諸分野のなかから三名の教員を指導教員として選ぶことにより、これらを柔軟にミックスした研究課題の選定や指導をうけることが可能となる。
院生は、伝統的なテーマの研究はもちろんのこと、学際性に富むテーマへの挑戦もおこなっている。例えばこれまでに、韓国古墳時代の社会構造分析に骨考古学的方法を応用した研究がおこなわれた。また、上にのべた三講座以外の教員を指導教員に加えることによって、近世墓にあらわれた「家」意識に関する修士論文を提出した例もある。指導教員の選択によっては、古人骨の調査法の習得とともに、考古学の先端の理論を学ぶということも可能であり、実際に多くの学生がこのようなメニューを選択している。
このように、本メニューでは、考古学・人類学を柱としながら、伝統的な研究テーマはもちろんのこと、学際的テーマの専攻を可能とする指導体制をとっているのである。
下図にテーマと講座の関係を色わけで示した。学生はここにあげたテーマを柔軟にミックスした研究課題を選定し指導をうけることができる。